
É certo que a antiga Al’ – ‘Ullyã foi urbe de considerável importância durante o domínio árabe do Gharb, nomeadamente no período alomôada quando se tornou Medina. Como qualquer cidade islâmica tinha a sua mesquita que se acredita corresponder ao edifício da actual igreja matriz. Embora não exista ainda comprovação científica desta teoria que só seria possível com a realização de intervenções arqueológicas, esta hipótese parece sustentar-se em alguns argumentos sólidos.
À partida o que se evidencia na observação da igreja é a sua torre sineira, o que constitui primeiro ponto de ligação com esta hipótese. Embora sejam visíveis na torre diferentes fases de construção (sobretudo no que respeita ao seu coroamento superior) o seu embasamento denuncia, na forma de organização da silharia, uma tradição construtiva antiga que se assemelha na técnica de montagem, à de um minarete. Assim, a torre sineira da matriz de Loulé seria um dos poucos minaretes que efectivamente ainda existem em território português. Por outro lado, a orientação da torre, assim como as suas dimensões, relativamente à igreja e a própria orientação interna do templo que escapam aos cânones construtivos das igrejas cristãs e remetem mais uma vez para a orientação do templo muçulmano.
Observando a igreja e reconstituindo a sua planta ao nível do arranque das janelas, isto é despojando-nos daquilo que é acrescento e modificação térrea ao longo dos tempos, encontramos o eixo de orientação sul/sudoeste correspondente à direcção de Meca, essencial numa mesquita. Esta planta teria uma forma quadrada com o tramo central mais largo evidenciando o mihrab na parede da quibla, a chamada planta em T, característica também essencial numa mesquita, à semelhança do que acontece na matriz de Mértola que seria também a antiga mesquita do povoado islâmico.
Outras características construtivas que remetem para o séc. XIII são, por exemplo, os vestígios de um arco em ferradura na nave principal ao nível do clerestório, ou os capitéis, que parecem datar do séc. XIII e XIV. Embora a decoração vegetalista possa ser atribuível tanto a fábrica islâmica como cristã, alguns destes capitéis podem ser islâmicos ou compostos de reaproveitamentos islâmicos.
A transformação de mesquitas muçulmanas em igrejas cristãs foi uma prática corrente durante a “reconquista”, simbolizando, no poder instituído, a passagem do Islão para a cristandade em cada cidade, constituindo até, tarefa relativamente fácil. Neste caso teria sido mudada a orientação do templo, fechado aberturas, aberto a porta de entrada da igreja e localizado o altar-mor à sua frente.
A exploração por parte da autarquia da imagem da Igreja de São Clemente associada à antiga mesquita seria uma mais valia para promover a cidade em termos turísticos e culturais.